所得税法等の一部を改正する法律案要綱1/2

所得税法等の一部を改正する法律案要綱

現下の経済・財政状況等を踏まえ、持続的な経済社会の活性化を実現する等の観点から、公益法人制度改革に対応する税制措置を講ずるとともに寄附税制の見直しを行うほか、法人関係税制、中小企業関係税制、金融・証券税制、土地・住宅税制、国際課税等について所要の措置を講ずることとし、次により所得税法等の一部を改正することとする。

一　所得税法の一部改正（第１条関係）

１　公益社団法人、公益財団法人、社会医療法人及び日本年金機構をその受取利子等について非課税となる公共法人等の範囲に加えることとする。（所得税法第11条、別表第１関係）
２　外国公共法人等の指定制度について、所要の経過措置を講じた上、廃止することとする。（所得税法第11条、別表第１、附則第２条関係）
３　工事の請負に係る収入及び費用の帰属時期の特例について、次のとおり見直しを行うこととする。（所得税法第66条関係）
- (1) 工事進行基準の対象となる工事の範囲にソフトウエアの開発を加える。
- (2) 工事進行基準によるべき長期大規模工事の範囲について、工事期間要件を１年以上とする。
- (3) 長期大規模工事以外の工事で損失が生ずると見込まれるものについて、工事進行基準を適用することができることとする。
（注）上記の改正は、原則として、平成21年１月１日以後に着手する工事について適用する。（附則第４条関係）
４　居住者が全部取得条項付種類株式を取得決議により譲渡し、かつ、対価として取得法人の株式等の交付を受けた場合にその全部取得条項付種類株式の譲渡がなかったものとみなされる要件のうち取得決議による取得の対価に、その取得の価格の決定の申立てに基づいて交付される金銭等を加えることとする。（所得税法第57条の４関係）
（注）上記の改正は、平成20年４月１日以後に行われる取得決議について適用する。（附則第３条関係）
５　国内源泉所得の範囲に、外国法人の発行する債券の利子のうち国内において行う事業に帰せられるものを加えることとする。（所得税法第161条関係）
（注）上記の改正は、外国法人が平成20年４月１日以後に発行する債券の利子について適用する。（附則第５条関係）
６　居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が行う先物取引の差金等決済に係る調書の提出制度等を整備することとする。（所得税法第224条の５、第225条関係）
（注）上記の改正は、先物取引に係る差金等決済で平成21年１月１日以後に行われるものについて適用する。（附則第６条、第７条関係）
７　その他所要の規定の整備を行うこととする。

二　法人税法の一部改正（第２条関係）

１　公益法人関係税制について、次のとおり整備を行うこととする。
- (1)　非営利型法人（次の又はの法人をいう。）に該当する一般社団法人及び一般財団法人並びに公益社団法人及び公益財団法人並びに社会医療法人を公益法人等の範囲に加えるほか、公益法人等の範囲について所要の整備を行う。（法人税法第２条、別表第２関係）
  - 　その行う事業により利益を得ること又は得た利益を分配することを目的としない法人
  - 　会員から受け入れる会費によりその会員に共通する利益を図るための事業を行う法人
- （注）旧民法第34条の規定により設立された法人で通常の一般社団法人若しくは一般財団法人又は公益社団法人若しくは公益財団法人への移行の登記をしていないものは公益法人等とみなす等、所要の経過措置を講ずる。（附則第10条関係）
- (2) 特定普通法人が公益法人等に該当することとなる場合には、解散及び設立があったものとみなして欠損金の繰戻しによる還付等の制度を適用する等の措置を講ずる。（法人税法第10条の３、第52条、第53条関係）
- （注）上記の改正は、平成20年４月１日後に特定普通法人が公益法人等に該当することとなる場合について適用する。（附則第13条、第16条、第17条関係）
- (3) 公益法人等が普通法人若しくは協同組合等に該当することとなった場合又は普通法人若しくは協同組合等が公益法人等に該当することとなった場合等について、その該当することとなった日等の前後でみなし事業年度を設ける。（法人税法第14条関係）
- （注）上記の改正は、平成20年４月１日以後にこれらの事実が生ずる場合について適用する。（附則第14条関係）
- (4) 公益社団法人又は公益財団法人がその収益事業に属する資産のうちからその収益事業以外の事業で公益に関する事業のために支出した金額については、その収益事業に係る寄附金の額とみなす。（法人税法第37条関係）
- （注）上記の改正は、法人が一般社団法人及び一般財団法人に関する法律の施行の日以後に支出する金額について適用する。（附則第15条関係）
- (5) 特定公益法人等である内国法人が普通法人に該当することとなった場合等には、その内国法人のその該当することとなった日等の前の収益事業以外の事業から生じた所得の金額の累積額又は欠損金額の累積額に相当する金額は、益金の額又は損金の額に算入する。（法人税法第64条の４関係）
- （注）上記の改正は、平成20年４月１日以後に特定公益法人等である内国法人が普通法人に該当することとなる場合等について適用する。（附則第20条関係）
- (6) 一般社団法人等（非営利型法人に該当する一般社団法人及び一般財団法人並びに公益社団法人及び公益財団法人をいう。）の各事業年度の所得に対する法人税の税率を30％（各事業年度の所得の金額のうち年800万円以下の金額については、22％）とする。（法人税法第66条関係）
- （注）上記の改正は、一般社団法人及び一般財団法人に関する法律の施行の日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用する。（附則第21条関係）
- (7) 収益事業を行っていない公益法人等が普通法人又は協同組合等に該当することとなる場合における届出等について、所要の規定の整備を行う。（法人税法第13条、第71条、第122条、第150条関係）
- （注）上記の改正は、平成20年４月１日以後に公益法人等が普通法人又は協同組合等に該当することとなる場合について適用する。（附則第14条、第24条関係）
- (8)　外国公益法人等の指定制度について、所要の経過措置を講じた上、廃止する。（法人税法第10条、別表第１、別表第２、附則第11条関係）
２　工事の請負に係る収益及び費用の帰属時期の特例について、次のとおり見直しを行うこととする。（法人税法第64条関係）
- (1) 工事進行基準の対象となる工事の範囲にソフトウエアの開発を加える。
- (2) 工事進行基準によるべき長期大規模工事の範囲について、工事期間要件を１年以上とする。
- (3) 長期大規模工事以外の工事で損失が生ずると見込まれるものについて、工事進行基準を適用することができることとする。
（注）上記の改正は、原則として、平成20年４月１日以後に開始する事業年度において着手する工事について適用する。（附則第19条関係）
３　法人が全部取得条項付種類株式を取得決議により譲渡し、かつ、対価として取得法人の株式等の交付を受けた場合にその全部取得条項付種類株式の譲渡損益の計上を繰り延べる要件のうち取得決議による取得の対価に、その取得の価格の決定の申立てに基づいて交付される金銭等を加えることとする。（法人税法第61条の２関係）
（注）上記の改正は、平成20年４月１日以後に行われる取得決議について適用する。（附則第18条関係）
４　国内源泉所得の範囲に、外国法人の発行する債券の利子のうち国内において行う事業に帰せられるものを加えることとする。（法人税法第138条関係）
（注）上記の改正は、外国法人が平成20年４月１日以後に発行する債券の利子について適用する。（附則第23条関係）
５　日本年金機構を公共法人の範囲に加えることとする。（法人税法別表第１関係）
６　その他所要の規定の整備を行うこととする。

三　相続税法の一部改正（第３条関係）

１　公益法人等に対して贈与等があった場合の贈与税等の課税について、その適用対象を持分の定めのない法人とすることとする。（相続税法第65条、第66条関係）
２　持分の定めのない法人及び人格のない社団等に対して贈与等があった場合において、受贈益が法人税法の規定により当該法人等の所得の金額の計算上益金の額に算入されるときであっても、当該法人等に対して贈与税等を課税するとともに、当該贈与税等の額から法人税等の額を控除することとする。（相続税法第66条関係）
３　その他所要の規定の整備を行うこととする。

（注）上記の改正は、一般社団法人及び一般財団法人に関する法律の施行の日以後に相続若しくは遺贈又は贈与により取得した財産について適用する。（附則第25条関係）

四　地価税法の一部改正（第４条関係）

公益法人制度改革に伴う所要の規定の整備を行うこととする。（地価税法第６条、別表第１関係）

五　登録免許税法の一部改正（第５条関係）

１　公益社団法人及び公益財団法人に係る役員の変更登記等又は公益認定の際の名称の変更登記について登録免許税を非課税とする措置を講ずることとする。（登録免許税法第５条、別表第１関係）
２　一般社団法人及び一般財団法人の設立登記等について１件につき６万円等の登録免許税を課税することとする。（登録免許税法別表第１関係）
３　日本年金機構を非課税法人の範囲に加えることとする。（登録免許税法別表第２関係）
４　次に掲げる場合の不動産に係る所有権の移転登記等について、登録免許税を非課税とする措置を講ずることとする。（登録免許税法別表第３関係）
- (1) 公益社団法人及び公益財団法人が学校の校舎等の用に供するために不動産を取得する場合
- (2) 厚生農業協同組合連合会が特別養護老人ホームの用に供するために不動産を取得する場合
５　その他所要の規定の整備を行うこととする。

六　消費税法の一部改正（第６条関係）

１　一般社団法人、一般財団法人等を消費税法別表第三に加えることとする。（消費税法別表第３関係）
２　その他所要の規定の整備を行うこととする。

七　印紙税法の一部改正（第７条関係）

１　日本年金機構を非課税法人の範囲に加えることとする。（印紙税法別表第２関係）
２　国民健康保険団体連合会が作成する高齢者の医療の確保に関する法律第155条第１項第１号に掲げる業務に関する文書を非課税文書の範囲に加えることとする。（印紙税法別表第３関係）

八　租税特別措置法の一部改正（第８条関係）

１　研究開発税制

試験研究を行った場合の特別税額控除制度について、試験研究費の増加額に対する特別税額控除割合を上乗せする制度を改組し、平成20年４月１日から平成22年３月31日までの間に開始する各事業年度において、次のいずれかの制度を選択適用できる制度を創設することとする。この制度における控除税額は、試験研究費の総額に係る特別税額控除制度又は中小企業技術基盤強化税制とは別に、当期の法人税額の100分の10相当額を限度とする。（租税特別措置法第10条、第42条の４、第68条の９関係）
- (1) 試験研究費の額が比較試験研究費の額を超え、かつ、基準試験研究費の額を超える場合には、試験研究費の額が比較試験研究費の額を超える部分の金額の100分の５相当額の特別税額控除ができる。
- (2) 試験研究費の額が平均売上金額の100分の10相当額を超える場合には、その超える部分の金額に超過税額控除割合を乗じた金額の特別税額控除ができる。
２　情報基盤強化税制

情報基盤強化設備等を取得した場合の特別償却又は特別税額控除制度について、大規模法人の対象設備等の取得価額の合計額のうち200億円を超える部分の金額を対象から除外した上、その適用期限を２年延長することとする。（租税特別措置法第10条の６、第42条の11、第68条の15関係）
３　中小企業関係税制
- (1) 特定新規中小会社が発行した株式を取得した場合の課税の特例の創設
  
  居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者（以下「居住者等」という。）が、平成20年４月１日以後に、中小企業の新たな事業活動の促進に関する法律に規定する特定新規中小企業者に該当する株式会社（その設立の日以後の期間が１年未満のもの等に限る。）により発行される株式を払込みにより取得をした場合において、当該居住者等が当該払込みにより取得をした株式の取得に要した金額（1,000万円を限度）については、寄附金控除の規定を適用することができることとする。（租税特別措置法第41条の19関係）
- (2) 特定中小会社が発行した株式に係る譲渡所得等の課税の特例を廃止することとする。（旧租税特別措置法第37条の13の３関係）
- (3) 教育訓練費の額が増加した場合の特別税額控除制度について、対象を中小企業者等に限定するとともに、教育訓練費割合（労務費の額のうちに占める教育訓練費の額の割合）が100分の0.15以上の場合に、教育訓練費の額に100分の12（教育訓練費割合が100分の0.25未満であるときは、当該教育訓練費割合から100分の0.15を控除した割合に40を乗じて計算した割合に100分の８を加算した割合）を乗じた金額の特別税額控除ができる制度に改組した上、本制度を事業基盤強化設備を取得した場合の特別償却又は特別税額控除制度の中に位置付けることとする。（租税特別措置法第10条の４、第42条の７、第68条の12、旧租税特別措置法第10条の７、第42条の12、第68条の15の２関係）
- (4) 中小企業者と農林漁業者との連携による事業活動の促進に関する法律の制定に伴い、事業基盤強化設備を取得した場合の特別償却又は特別税額控除制度の対象に、同法の認定農商工等連携事業計画に従って農商工等連携事業を行う中小企業者が取得するその認定農商工等連携事業計画に定める機械装置を加えることとする。（租税特別措置法第10条の４、第42条の７、第68条の12関係）
- (5) 企業立地の促進等による地域における産業集積の形成及び活性化に関する法律の一部改正に伴い、集積区域における集積産業用資産の特別償却制度の対象に、地域における産業集積の形成に資する農林漁業関連業種を加えることとする。（租税特別措置法第11条の５、第44条の２、第68条の20関係）
- (6) 中小企業者等が機械等を取得した場合の特別償却又は特別税額控除制度の適用期限を２年延長することとする。（租税特別措置法第10条の３、第42条の６、第68条の11関係）
- (7) 交際費等の損金不算入制度について、中小企業者に係る400万円の定額控除の適用期限を２年延長することとする。（租税特別措置法第61条の４、第68条の66関係）
- (8) 欠損金の繰戻しによる還付の不適用制度について、中小企業者の設立後５年間に生じた欠損金額に係る適用除外措置の適用期限を２年延長することとする。（租税特別措置法第66条の13関係）
- (9) 中小企業者等の少額減価償却資産の取得価額の損金算入の特例の適用期限を２年延長することとする。（租税特別措置法第28条の２、第67条の５、第68条の102の２関係）
４　金融・証券税制
- (1) 上場株式等の譲渡所得等に対する課税
  - 　上場株式等を譲渡した場合の株式等に係る譲渡所得等の課税の特例の廃止
    
    上場株式等の譲渡所得等に係る税率については、平成20年12月31日をもって７％軽減税率を廃止することとする。（旧租税特別措置法第37条の11関係）
  - 　特例措置
    
    平成21年１月１日から平成22年12月31日までの間に上場株式等の譲渡をした場合には、その年分の上場株式等に係る譲渡所得等の金額のうち500万円以下の部分の税率については、７％とすることとする。（附則第43条関係）
  - 　源泉徴収選択口座における源泉徴収税率の特例
    
    平成21年１月１日から平成22年12月31日までの間の源泉徴収選択口座における源泉徴収税率は、７％とすることとする。この場合において、その年中の源泉徴収選択口座の上場株式等に係る譲渡所得等の金額と源泉徴収選択口座以外の上場株式等に係る譲渡所得等の金額の合計額が500万円を超える者については、その超える年分について、源泉徴収選択口座の譲渡所得等に係る申告不要の特例は適用しない。（附則第45条関係）
- (2) 上場株式等の配当所得に対する課税
  - 　上場株式等の配当等に係る源泉徴収税率等の特例の廃止
    
    居住者等が支払を受けるべき上場株式等の配当等に係る源泉徴収税率等については、平成20年12月31日をもって７％軽減税率を廃止することとする。（租税特別措置法第９条の３関係）
  - 　源泉徴収税率の特例措置
    
    平成21年１月１日から平成22年12月31日までの間に居住者等が支払を受けるべき上場株式等の配当等（大口株主が支払を受けるものを除く。以下同じ。）に対する源泉徴収税率を７％とすることとする。この場合において、その年中の上場株式等の配当等（同一の支払者からの年間の支払金額が１万円以下のものを除く。）の金額の合計額が100万円を超える者については、その超える年分について、当該上場株式等の配当等に係る申告不要の特例は適用しない。（附則第33条関係）
  - 　上場株式等に係る配当所得の申告分離選択課税の創設
    
    居住者等が、平成21年１月１日以後に支払を受けるべき上場株式等の配当等を有する場合において、当該上場株式等の配当等に係る配当所得については、当該居住者等は15％の税率による申告分離課税を選択できることとする。この場合において、申告する上場株式等の配当所得の金額の合計額について、総合課税と申告分離課税のいずれかの選択適用とする。（租税特別措置法第８条の４関係）
  - 　上場株式等の配当等に係る申告分離選択課税の税率の特例措置
    
    平成21年１月１日から平成22年12月31日までの間に上場株式等の配当等の支払を受ける場合には、その年分において申告分離課税を選択した上場株式等の配当所得の金額のうち100万円以下の部分の税率については、７％とすることとする。（附則第32条関係）
- (3) 上場株式等に係る譲渡損失の損益通算の特例の創設
  - 　上場株式等の譲渡損失と上場株式等の配当所得との間の損益通算の特例の創設
    
    その年分の上場株式等の譲渡所得等の金額の計算上生じた損失の金額があるとき又はその年の前年以前３年内の各年に生じた上場株式等の譲渡損失の金額（前年以前に既に控除したものを除く。）があるときは、これらの損失の金額を上場株式等の配当所得の金額（申告分離課税を選択したものに限る。）から控除するものとする。（租税特別措置法第37条の12の２関係）
  - （注）上記の改正は、平成21年分以後の所得税について適用する。（附則第47条関係）
  - 　源泉徴収選択口座内配当等に係る所得計算及び源泉徴収等の特例の創設
    - イ　居住者等が金融商品取引業者等の営業所を通じて上場株式等の配当等の支払を受ける場合において、当該居住者等が当該金融商品取引業者等の営業所に源泉徴収選択口座を開設しているときは、当該居住者等は当該金融商品取引業者等に届出書を提出することにより、当該上場株式等の配当等を当該源泉徴収選択口座に受け入れることができることとする。（租税特別措置法第37条の11の６関係）
    - ロ　上記イにより源泉徴収選択口座に受け入れた上場株式等の配当等（以下「源泉徴収選択口座内配当等」という。）に対する源泉徴収税額を計算する場合において、当該源泉徴収選択口座内における上場株式等の譲渡所得等の金額の計算上生じた損失の金額があるときは、当該源泉徴収選択口座内配当等の額から当該上場株式等の譲渡損失の金額を控除した金額に対して源泉徴収税率を乗じて徴収すべき所得税の額を計算する特例を創設することとする。この場合において、当該上場株式等の譲渡損失の金額につき、申告により、他の株式等に係る譲渡所得等の金額又は上場株式等に係る配当所得の金額から控除するときは、本特例の適用を受けた源泉徴収選択口座内配当等に係る配当所得の金額については、申告不要の特例は適用しない。（租税特別措置法第37条の11の６関係）
  - （注）上記の改正は、平成22年１月１日以後に金融商品取引業者等から交付を受けるべき源泉徴収選択口座内配当等について適用する。（附則第46条関係）
- (4) 資料情報制度等の整備
  - 　源泉徴収選択口座に係る特定口座年間取引報告書について、次の措置を講ずることとする。
    - イ　源泉徴収選択口座に係る特定口座年間取引報告書の税務署長への提出を不要とする措置を廃止する。（租税特別措置法第37条の11の４関係）
    - （注）平成21年１月１日前に源泉徴収選択口座において処理された上場株式等の譲渡に係る報告書については、従前どおりとする。（附則第45条関係）
    - ロ　特定口座年間取引報告書の記載事項に、源泉徴収選択口座に受け入れた上場株式等の配当等の額その他の事項を加える。（租税特別措置法第37条の11の３関係）
    - （注）上記の改正は、平成22年１月１日以後に特定口座において処理される上場株式等の譲渡又は当該特定口座に受け入れる上場株式等の配当等に係る報告書について適用する。（附則第44条関係）
  - 　上場株式等の配当等の支払者は、その支払を受ける者に対して、上場株式等の配当等の支払通知書を交付しなければならないこととする。（租税特別措置法第８条の４関係）
  - （注）上記の改正は、平成21年１月１日以後に支払うべき上場株式等の配当等について適用する。（附則第32条関係）
- (5) 源泉徴収義務の整備等
  - 　源泉徴収選択口座における損益通算を可能とするため、上場株式等の配当等に対する源泉徴収について、以下の措置を講ずることとする。
    - イ　平成22年１月１日以後に支払の取扱者を通じて支払われる上場株式等の配当等について、当該支払の取扱者を源泉徴収義務者とする。（租税特別措置法第９条の３の２関係）
    - ロ　源泉徴収選択口座内配当等について源泉徴収した所得税の納期限を、その徴収の日の属する年の翌年１月10日とする。（租税特別措置法第37条の11の６関係）
    - （注）上記の改正は、平成22年１月１日以後に金融商品取引業者等から交付を受けるべき源泉徴収選択口座内配当等について適用する。（附則第46条関係）
  - 　居住者等が公募株式等証券投資信託の終了又は一部の解約により交付を受ける金銭の額その他の資産の価額については、その全額を株式等譲渡所得等の収入金額とみなして課税することとする。（租税特別措置法第37条の10関係）
  - （注）上記の改正は、平成21年１月１日以後の公募株式等証券投資信託の終了又は一部の解約について適用する。（附則第42条関係）
- (6) 特定上場株式等に係る譲渡所得等の非課税制度は、適用期限の到来をもって廃止することとする。（旧租税特別措置法第37条の14関係）