| １ | 研究開発税制 |
| | (1) | 試験研究費の総額に係る特別税額控除制度について、平成18年４月１日から平成20年３月31日までの間に開始する各事業年度において、試験研究費の額のうち比較試験研究費の額を上回る部分の特別税額控除割合に100分の５を加える特例を２年間の時限措置として講ずることとする。（租税特別措置法第10条、第42条の４、第68条の９関係） |
| | (2) | 中小企業技術基盤強化税制について、平成18年４月１日から平成20年３月31日までの間に開始する各事業年度において、試験研究費の額のうち比較試験研究費の額を上回る部分の特別税額控除割合に100分の５を加える特例を２年間の時限措置として講ずることとする。（租税特別措置法第10条、第42条の４、第68条の９関係） |
| | (3) | 特別試験研究費の範囲に、希少疾病用医薬品等に関する試験研究費を加えることとする。（租税特別措置法第10条、第42条の４、第68条の９関係） |
| ２ | 情報基盤強化税制の創設
青色申告書を提出する事業者が、平成18年４月１日から平成20年３月31日までの間に、情報基盤強化設備等の取得等をして、これを国内にある事業の用に供した場合において、一定の要件を満たすときは、その情報基盤強化設備等の基準取得価額の100分の50相当額の特別償却と100分の10相当額の特別税額控除との選択適用ができる制度を２年間の時限措置として創設することとする。また、個人又は一定の法人にあっては、一定のリース情報基盤強化設備等の賃借をして、これを国内にある事業の用に供した場合において、一定の要件を満たすときは、リース費用の総額の一定の金額について100分の10相当額の特別税額控除ができることとする。ただし、当期の税額の100分の20相当額を限度とし、控除限度超過額については１年間の繰越しができることとする。（租税特別措置法第10条の６、第42条の11、第68条の15関係） |
| ３ | 中小企業関係 |
| | (1) | 中小企業投資促進税制について、対象資産に一定のソフトウエアを加えるとともに、その適用期限を２年延長することとする。（租税特別措置法第10条の３、第42条の６、第68条の11関係） |
| | (2) | 交際費等の損金不算入制度について、損金不算入となる交際費等の範囲から一定の金額以下の一定の飲食費を除外した上、平成18年４月１日から平成20年３月31日までの間に開始する各事業年度について適用することとする。（租税特別措置法第61条の４、第68条の66関係） |
| | (3) | 欠損金の繰戻しによる還付の不適用制度について、創業５年以内の中小企業者の適用除外措置を２年延長することとする。（租税特別措置法第66条の12関係） |
| | (4) | 中小企業者等の少額減価償却資産の取得価額の損金算入の特例について、当期に取得等をした少額減価償却資産の取得価額の合計額が300万円を超える場合には、その超える部分に係る減価償却資産を対象から除外した上、平成18年４月１日から平成20年３月31日までの間に取得等をする減価償却資産について適用することとする。（租税特別措置法第28条の２、第67条の５、第68条の102の２関係） |
| | (5) | 中小企業の新たな事業活動の促進に関する法律の経営革新計画の承認を受けた中小企業者がその計画に従って経営革新のための事業を実施している平成18年４月１日から平成20年３月31日までの間に開始する各事業年度について、留保金課税を不適用とする措置を講ずることとする。（租税特別措置法第68条の２、第68条の109関係） |
| ４ | 土地・住宅税制 |
| | (1) | 不動産の登記に係る登録免許税の税率の特例を廃止することとする。（旧租税特別措置法第72条関係） |
| | (2) | 平成18年４月１日から平成20年３月31日までの間に受ける土地に関する次の登記に対する登録免許税について、それぞれ次のとおり税率を軽減することとする。（租税特別措置法第72条関係） |
| | |  | 売買による所有権の移転登記 1,000分の10（本則1,000分の20） |
| | |  | 所有権の信託の登記 1,000分の２（本則1,000分の４） |
| | (3) | 中心市街地の活性化に関する法律の制定に伴い、次の措置を講ずることとする。 |
| | | | 既成市街地等内にある土地等の中高層耐火建築物等の建設のための買換え等の場合の譲渡所得の課税の特例の適用対象となる中高層の耐火共同住宅建築事業の施行区域の範囲に、同法の認定基本計画に基づいて行われる中心市街地共同住宅供給事業（都市福利施設の整備を行う事業と一体的に行われるものに限る。）の区域を加える。（租税特別措置法第37条の５関係） |
| | | | 優良賃貸住宅等の割増償却制度について、中心市街地における市街地の整備改善及び商業等の活性化の一体的推進に関する法律の一部を改正する等の法律の施行の日から平成20年３月31日までの間に取得等をする中心市街地優良賃貸住宅につき、５年間、普通償却限度額の100分の36（耐用年数が35年以上のものについては、100分の50）の割増償却ができる措置を加える。なお、本制度の対象となる賃貸住宅から特定優良賃貸住宅を除外する。（租税特別措置法第14条、第47条、第68条の34関係） |
| | |  | その他所要の整備を行う。 |
| | (4) | 国有財産特別措置法の普通財産のうち一定の土地（以下「特定普通財産」という。）に隣接する土地（当該特定普通財産の上に存する権利を含む。）を有する者が、同法の交換の特例により当該隣接する土地と当該特定普通財産との交換をしたときは、一定の要件の下で、課税の繰延べの特例措置を講ずることとする。（租税特別措置法第37条の９の４、第66条、第68条の85の３関係） |
| | (5) | 既存住宅の耐震改修をした場合の所得税額の特別控除制度の創設（租税特別措置法第41条の19の２関係） |
| | | | 居住者が、平成18年４月１日から平成20年12月31日までの間に、一定の計画区域内において、その者の居住の用に供する家屋（昭和56年５月31日以前に建築された家屋で一定のものに限る。）の一定の耐震改修（以下「住宅耐震改修」という。）をした場合には、その者のその年分の所得税の額から、当該住宅耐震改修に要した費用の額の10％相当額（最高20万円）を控除することとする。 |
| | | | 上記の税額控除の適用に当たっては、確定申告書に、当該税額控除の金額の計算に関する明細書、地方公共団体の長の住宅耐震改修等証明書を添付することとする。 |
| | (6) | 住宅取得等資金に係る相続時精算課税の特例の適用期限を２年延長することとする。（租税特別措置法第70条の３、第70条の３の２関係） |
| | (7) | 給与所得者等が住宅資金の貸付け等を受けた場合の課税の特例の適用期限を２年延長することとする。（租税特別措置法第29条関係） |
| | (8) | 特定目的会社が資産流動化計画に基づき特定不動産を取得した場合等の所有権の移転登記等に対する登録免許税の税率の軽減措置について、軽減税率を不動産の所有権の移転登記にあっては1,000分の８（現行1,000分の６）に、質権又は抵当権の移転登記にあっては1,000分の1.5（現行1,000分の１）にそれぞれ引き上げた上、その適用期限を２年延長することとする。（租税特別措置法第83条の３） |
| ５ | 国際課税
国外支配株主等に係る負債の利子の課税の特例について、次の措置を講ずることとする。 |
| | (1) | この特例の対象に、法人に資金を供与する一定の者等（以下「資金供与者等」という。）に対する負債並びに国外支配株主等及び資金供与者等に支払う一定の費用を加える。（租税特別措置法第66条の５、第68条の３の６、第68条の89関係） |
| | (2) | 国外支配株主等及び資金供与者等に対する負債及びその負債の利子等から、一定の債券現先取引等に係る負債及びその負債の利子等を控除することができる。この場合、適用要件となる国外支配株主等の資本持分又は自己資本の額に係る各倍数は、２倍とする。（租税特別措置法第66条の５、第68条の３の６、第68条の89関係） |
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| ６ | 社会経済情勢の変化への対応 |
| | (1) | 特定口座年間取引報告書の電子交付 |
| | | | 証券業者等は、特定口座年間取引報告書の交付に代えて、特定口座を開設している居住者等の承諾を得て、特定口座年間取引報告書に記載すべき事項を電磁的方法により提供することができることとする。ただし、その居住者等の請求があるときは、特定口座年間取引報告書を交付しなければならないこととする。（租税特別措置法第37条の11の３関係） |
| | | | 上記ただし書の特定口座年間取引報告書の交付義務の違反行為については所要の罰則を設けることとする。（租税特別措置法第42条の３関係） |
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| | (2) | 会社法の制定に伴い、次のとおり整備を行うこととする。 |
| | | | 配当等関係 |
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| | | | 株式等に関する取引関係 |
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| | | | その他所要の整備を行う。 |
| | (3) | 建築物の耐震改修の促進に関する法律の改正に伴い、青色申告書を提出する事業者が、平成18年４月１日から平成20年３月31日までの間に、耐震診断により耐震改修が必要とされた特定建築物について同法の計画の認定を受けた計画に基づき行う耐震改修工事に伴い取得等をする建物部分について、その取得価額の100分の10相当額の特別償却ができる措置を講ずることとする。（租税特別措置法第11条の２、第44条、第68条の19関係） |
| | (4) | 再商品化設備等の特別償却制度について、生物資源を利用した製品を製造するための機械その他の減価償却資産につき取得価額の100分の14相当額の特別償却ができる措置を加えるとともに、再生資源を利用した製品を製造するための機械その他の減価償却資産に係る措置を除外した上、その適用期限を２年延長することとする。（租税特別措置法第11条の７、第44条の７、第68条の26関係） |
| | (5) | 障害者を雇用する場合の機械等の割増償却制度について、障害者雇用割合の計算の基礎となる雇用障害者数の範囲に精神障害者である短時間労働者を加えることとする。（租税特別措置法第13条、第46条の２、第68条の31関係） |
| | (6) | 公共交通機関に係る障害者対応設備等の特別償却制度について、対象設備に航空運送事業用の身体障害者等の利用に資する一定の航空機を加えるとともに、その適用期限を２年延長することとする。（租税特別措置法第13条、第46条の２、第68条の31関係） |
| | (7) | 保険会社等の異常危険準備金制度について、対象法人に少額短期保険業者を加えることとする。（租税特別措置法第57条の５、第68条の55関係） |
| | (8) | 日本郵政株式会社が移行期間内の各事業年度において、社会・地域貢献基金を積み立てた場合には、当期に積み立てた金額を損金算入することができる社会・地域貢献準備金制度を創設することとする。（租税特別措置法第57条の９、第68条の58の２関係） |
| | (9) | 株式交換等に係る課税の特例を廃止することとする。（旧租税特別措置法第37条の14、第67条の９、第67条の10、第68条の104、第68条の105関係） |
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| | (10) | 農協系統金融機関の組織再編成について、認定経営基盤強化計画に基づき行う登記に対する登録免許税の税率の軽減措置の適用対象に加えた上、平成18年４月１日から平成20年３月31日までの間の措置として次の措置を講ずることとする。（租税特別措置法第80条の２、第80条の３関係） |
| | | | 農林中央金庫が農林中央金庫及び特定農水産業協同組合等による信用事業の再編及び強化に関する法律の規定による認可を受けて信用農業協同組合連合会から一定の要件の下に事業譲渡を受けた場合の不動産の抵当権の移転登記に対する登録免許税の税率を1,000分の1.5（本則1,000分の２）に軽減する。 |
| | | | 信用農業協同組合連合会が農業協同組合法の規定による認可を受けて農業協同組合から一定の要件の下に信用事業を譲り受けた場合の不動産の抵当権の移転登記に対する登録免許税の税率を1,000分の1.5（本則1,000分の２）に軽減する。 |
| | | | 特定農業協同組合が農業協同組合法の規定による認可を受けて他の特定農業協同組合から一定の要件の下に信用事業を譲り受けた場合の不動産の抵当権の移転登記に対する登録免許税の税率を1,000分の1.5（本則1,000分の２）に軽減する。 |
| | |  | 特定農業協同組合が農業協同組合法の規定による認可を受けて他の特定農業協同組合と一定の要件の下に合併をする場合の登録免許税の税率を、不動産の所有権の移転登記にあっては1,000分の2.5（本則1,000分の４）に、抵当権の移転登記にあっては1,000分の0.5（本則1,000分の１）にそれぞれ軽減する。 |
| | (11) | 特定外貿埠頭の管理運営に関する法律の規定により国土交通大臣の指定を受けた株式会社（以下「指定会社」という。）が、海上物流の基盤強化のための港湾法等の一部を改正する法律の施行の日から平成21年３月31日までの間に、同法の規定により外貿埠頭公団の解散及び業務の承継に関する法律に規定する指定法人から外貿埠頭その他の外貿埠頭事業に関連する不動産の出資を受けた場合において、指定会社が当該出資により取得した不動産の所有権の移転登記を受けるときは、その登記に対する登録免許税の税率を1,000分の８（平成20年４月１日以後に受ける当該出資に係るものにあっては、1,000分の15）（本則1,000分の20）に軽減する措置を講ずることとする。（租税特別措置法第82条の３関係） |
| | (12) | ビールに係る酒税の税率の特例措置について、新規参入者の適用対象期間を製造免許を受けた日から５年（現行３年）に延長した上、その適用期限を２年延長することとする。（租税特別措置法第87条の６関係） |
| | (13) | たばこ税の引上げ |
| | | | たばこ税の税率の特例措置について、平成18年７月１日以降当分の間、その税率を製造たばこ（専売納付金制度下において３級品とされていた紙巻たばこを除く。）については3,552円／千本（現行3,126円／千本）に、専売納付金制度下において３級品とされていた紙巻たばこについては1,686円／千本（現行1,484円／千本）に引き上げることとする。（租税特別措置法第88条関係） |
| | | | 入国者が携帯又は別送して輸入する紙巻たばこに係るたばこ税の税率の特例措置の適用期限を１年延長した上、その税率を平成18年７月１日以降7,000円／千本（現行6,000円／千本）に引き上げることとする。（租税特別措置法第88条の２関係） |
| | | | その他 |
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| ７ | その他の租税特別措置の改正
租税特別措置について、所要の経過措置を講じた上、次の措置を講ずることとする。 |
| | (1) | 廃止
次に掲げる特別措置を廃止する。 |
| | | | 研究開発税制における増加試験研究費の特別税額控除（旧租税特別措置法第10条、第42条の４、第68条の９関係） |
| | | | 研究開発税制における試験研究費の総額に係る特別税額控除制度の特別税額控除割合の上乗せ（旧租税特別措置法第10条、第42条の４、第68条の９関係） |
| | | | 情報通信機器等を取得した場合等の特別償却又は特別税額控除（旧租税特別措置法第10条の６、第42条の11、第68条の15関係） |
| | | | 電線類地中化設備の特別償却（旧租税特別措置法第11条、第43条、第68条の16関係） |
| | |  | 航空機の特別償却（旧租税特別措置法第43条、第68条の16関係） |
| | |  | 開発研究用設備の特別償却（旧租税特別措置法第11条の３、第44条の３、第68条の20の２関係） |
| | |  | 漁業経営改善計画を実施する者の漁船の割増償却（旧租税特別措置法第13条の４、第46条の４、第68条の33関係） |
| | |  | ガス熱量変更準備金（旧租税特別措置法第56条の２、第68条の49関係） |
| | |  | 中小企業者等に対する同族会社の特別税率の不適用（旧租税特別措置法第68条の２、第68条の109関係） |
| | |  | 農林中央金庫等が特定農業協同組合等から事業譲渡により不動産に関する権利を取得した場合の所有権の移転登記等に対する登録免許税の税率の軽減（旧租税特別措置法第78条の２関係） |
| | |  | 農業協同組合が農業協同組合法の規定により農業協同組合連合会の権利義務を包括承継した場合の不動産の権利の移転登記に対する登録免許税の税率の軽減（旧租税特別措置法第78条の２関係） |
| | |  | 漁業経営改善計画を実施する漁業者が取得する漁船の所有権の保存登記等に対する登録免許税の税率の軽減（旧租税特別措置法第79条関係） |
| | (2) | 縮減等 |
| | | | 特別償却 |
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| | | | 準備金等 |
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| | | | 登録免許税の特例 |
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| | (3) | 適用期限の延長 |
| | | | 使途秘匿金の支出がある場合の課税の特例の適用期限を２年延長する。（租税特別措置法第62条、第68条の67関係） |
| | | | 欠損金の繰戻しによる還付の不適用制度の適用期限を２年延長する。（租税特別措置法第66条の12、第68条の98関係） |
| | | | 次に掲げる租税特別措置の適用期限を２年延長する。 |
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| | | | 次に掲げる特別措置の適用期限を１年延長する。 |
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| ８ | その他 |
| | (1) | 低アルコール分の蒸留酒類等に係る酒税の税率の特例措置について、蒸留酒類等のうちアルコール分が13度未満のもの（リキュールについては、アルコール分が12度未満のもの）に係る酒税の税率を１kl当たり次のとおりとすることとする。（租税特別措置法第87条の２関係） |
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| | (2) | 二輪の小型自動車の自動車検査証の有効期間が初回のみ３年とされることに伴い、自動車検査証の有効期間が３年とされる二輪の小型自動車に係る自動車重量税の特例税率を、営業用自動車にあっては5,100円と、営業用自動車以外の自動車にあっては7,500円とすることとする。（租税特別措置法第90条の11関係） |
| | (3) | その他所要の税制の整備を行うこととする。 |
