１ 揮発油税及び地方道路税並びに自動車重量税について、税率の特例措置の適用期限を10年延長する。
２ 医療費控除の対象範囲に、高齢者の医療の確保に関する法律に基づく特定保健指導のうち一定の積極的支援に係る費用の自己負担分を加える。
３ 工事収益の計上方法等について、次のとおり見直しを行う。
(1) 工事進行基準によるべき長期大規模工事の範囲について、工事期間要件を２年以上から１年以上に、請負金額要件を50億円以上から10億円以上に、それぞれ見直す。
(2) 長期大規模工事以外の工事で損失が生ずると見込まれるものについて、工事進行基準を適用することができることとする。
(3) 工事進行基準の対象に、ソフトウエアの受注制作を加える。
(4) 工事進行基準の適用により計上した未収金は、その発注者を債務者とする金銭債権として、貸倒引当金制度等を適用することとする。
(5) その他所要の措置を講ずる。
４ 社会医療法人について、次の措置を講ずる。
(1) 社会医療法人を所得税法別表第一（公共法人等の表）、法人税法別表第二（公益法人等の表）及び消費税法別表第三に加える。
(2) 社会医療法人が行う医療保健業（附帯業務として行うものを除く。）を収益事業の範囲から除外する。
(3) 寄附金の損金算入限度額は、所得の金額の100分の50相当額（年200万円に満たない場合には、年200万円）とする。
(4) 社会医療法人の認定を受けた場合には、法人の解散及び設立があったものとして取り扱う。また、認定の取消しを受けた場合には、簿価純資産価額から利益積立金額を控除した金額を益金の額に算入する。
５ エネルギー需給構造改革推進投資促進税制について、省エネビルシステムを加えるなど対象設備の見直しを行った上、その適用期限を２年延長する。
６ 授産施設等取引金額が増加した場合の割増償却制度の創設
青色申告書を提出する事業者が、平成20年４月１日から平成25年３月31日までの間に開始する各事業年度において、授産施設等に対して資産の譲渡、役務の提供等の対価として支払った金額（授産施設等取引金額）がある場合において、その事業年度における授産施設等取引金額の合計額が前事業年度等における授産施設等取引金額の合計額を超えるときは、その事業年度又は直近２事業年度において取得等をした減価償却資産について、普通償却限度額の100分の30の割増償却ができる制度を創設する。この場合において、割増償却額の合計額が、その事業年度における授産施設等取引金額の合計額から前事業年度等における授産施設等取引金額の合計額を控除した残額を超えるときは、当該割増償却額の合計額は、当該残額を限度とする。
７ 外航海運事業者の日本籍船による収入金額の課税の特例の創設
海上運送法及び船員法の一部を改正する法律の施行に伴い、青色申告書を提出する法人で、同法の施行の日から平成22年３月31日までの間に改正後の海上運送法に規定する日本船舶・船員確保計画（仮称）の認定を受けたものについて、日本籍船の運航トン数に応じた利益の金額に基づく所得計算を選択することができる特例を創設する。本特例の所得計算において、(1)が(2)を超えるときは、その超える部分の金額を損金の額に算入し、(1)が(2)に満たないときは、その満たない部分の金額を益金の額に算入する。なお、本特例を選択する場合には、その適用を受けようとする事業年度開始の日の前日までに納税地の所轄税務署長にその旨を届け出るものとする。
(1) 日本籍船による収入金額に係る所得金額
(2) 日本籍船の運航トン数に応じた利益の金額
（注）運航トン数に応じた利益の金額は、100純トン・１日当たりのみなし利益の金額に運航トン数及び運航日数を乗じた金額とする。100純トン・１日当たりのみなし利益の金額は、次のとおりとする。
| 1,000純トン以下 | 120円 |
|---|---|
| 1,000純トン超10,000純トン以下 | 90円 |
| 10,000純トン超25,000純トン以下 | 60円 |
| 25,000純トン超 | 30円 |
なお、日本船舶・船員確保計画（仮称）の認定を取り消された場合には、上記の制度により損金の額に算入された金額の合計額をその取消しの日を含む事業年度の益金の額に算入する。
８ 特定目的会社に係る課税の特例等について、支払配当等の損金算入及び配当控除不適用となる配当等の要件における適格機関投資家の範囲を次のとおり見直す。
(1) 信用協同組合について、金融商品取引法に基づき金融庁長官に届出を行った者とする。
(2) 共済水産業協同組合連合会を加える。
(3) 企業年金基金のうち直近事業年度の年金経理に係る貸借対照表における資産から負債を控除した金額が100億円以上のものを加える。
(4) 信託会社（管理型信託会社を除く。）又は外国信託会社（管理型外国信託会社を除く。）のうち、金融商品取引法に基づき金融庁長官に届出を行った者を加える。
(5) 金融商品取引法に基づき有価証券の残高が10億円以上であるものとして金融庁長官に届出を行った者のうち、厚生年金基金、企業年金連合会又は企業年金基金に類する外国の者のうち次のすべての要件を満たすものによりその発行済株式の全部を保有されている内国法人を加える。
① 外国の法令に基づいて組織されていること。
② 外国において主として退職年金、退職手当その他これらに類する報酬を管理し、又は給付することを目的として運営されること。
(6) 金融商品取引法に基づき有価証券の残高が10億円以上であるものとして金融庁長官に届出を行った者のうち、外国の政府、外国の政府機関、外国の地方公共団体、外国の中央銀行及び日本国が加盟している国際機関のうち金融庁長官に届出を行った者によりその発行済株式の全部を保有されている内国法人を加える。
(7) 外国の法令に準拠して外国において第一種金融商品取引業又は投資運用業を行う法人の資本金の額等の最低限度を5,000万円（現行１億円）とする。
(8) 外国の法令に準拠して外国において信託業（管理型信託業を除く。）を行う法人で資本金の額等が１億円以上であるものとして、金融商品取引法に基づき金融庁長官に届出を行った者を加える。
９ 投資法人に係る課税の特例における支払配当等の損金算入の要件について、同族会社に該当しないこととの判定を、３株主グループによる判定から１株主グループによる判定とする。
10 農林中央金庫等の合併に係る課税の特例について、対象に漁業協同組合合併促進法の認定を受けていない漁業協同組合と漁業協同組合との合併を加える。
11 消費生活協同組合又は消費生活協同組合連合会が、消費生活協同組合法の規定により共済事業と共済事業以外の事業とを合わせて行うことが禁止される場合において、共済事業に係る資産及び負債を現物出資するときは、適格現物出資の要件のうち規模要件及び出資の継続保有要件については、これを満たすものとする。
12 構造改革特別区域法における酒税の特例について、次の措置を講ずる。
(1) 構造改革特別区域内において地域の特産物を原料とした果実酒又はリキュールを製造しようとする者が、果実酒又はリキュールの製造免許を申請した場合には、一定の要件の下、最低製造数量基準（現行６kl）を果実酒については２klに、リキュールについては１klに引き下げる。
(2) 構造改革特別区域内において農家民宿等を営む農業者が、自ら生産した果実を原料とした果実酒を製造するため、果実酒の製造免許を申請した場合には、一定の要件の下、最低製造数量基準（現行６kl）を適用しない。
(3) その他所要の整備を行う。
13 酒場、料理店その他酒類を専ら自己の営業場において飲用に供することを業とする者が、その営業場において飲用に供するため、その営業場において課税済みの蒸留酒類と他の物品（酒類を除く。）との混和をする場合には、一定の要件の下、みなし製造の規定を適用しないこととする。
14 バイオマス由来燃料を混和して製造された揮発油について、バイオマス由来燃料に含まれるエタノールに相当する揮発油税及び地方道路税を軽減する措置を平成25年３月31日までの間講ずる。
（注）上記の改正は、揮発油等の品質の確保等に関する法律の一部改正による揮発油特定加工業者（仮称）の登録制度及び品質確認制度の導入時期に合わせて実施する。
15 その他の租税特別措置の改正
租税特別措置について、所要の経過措置を講じた上、次の措置を講ずる。
(1) 廃止
① 経営革新計画を実施する中小企業者に対する特定同族会社の特別税率の不適用制度は、適用期限の到来をもって廃止する。なお、経営革新計画の承認を受けている中小企業者については、所要の経過措置を講ずる。
② 次に掲げる登録免許税の軽減措置を廃止する。
イ 漁業協同組合が漁業協同組合合併促進法の規定による認定を受けて合併をした場合の不動産の所有権の移転登記等に対する登録免許税の税率の軽減措置
ロ 一定の金融機関等が認定経営基盤強化計画等に基づき行う株式会社の設立の登記等に対する登録免許税の税率の軽減措置
ハ 農業信用基金協会が保証事業を譲渡した場合の抵当権の移転登記に対する登録免許税の税率の軽減措置
(2) 縮減等
① 肉用牛の売却による農業所得の課税の特例について、次のとおり見直しを行った上、その適用期限を３年延長する。
イ 免税対象牛の売却頭数が年間2,000頭を超える場合には、その超える部分の所得については、免税対象から除外する。
ロ 免税対象牛の対象範囲から売却価額50万円以上の乳用種を除外する。
（注）上記の改正は、個人は平成21年分以後の所得税について、法人は平成21年４月１日以後の日を含む事業年度について適用し、所要の経過措置を講ずる。
② 中小企業等基盤強化税制について、対象から中小企業の新たな事業活動の促進に関する法律の異分野連携新事業分野開拓計画に係る措置を除外する。
③ 公害防止用設備の特別償却制度について、対象設備から汚水処理用設備（構築物及び機械装置）、ばい煙処理用設備及び窒素酸化物抑制設備を除外した上、その適用期限を２年延長する。
④ 特定電気通信設備等の特別償却制度における電気通信利便性充実設備に係る措置及び広帯域加入者網普及促進設備に係る措置について、対象設備が設置される地域を条件不利地域に限定した上、その適用期限を２年延長する。
⑤ 再商品化設備等の特別償却制度について、対象設備から再商品化設備及び再資源化設備並びに生物資源利用製品製造設備のうち炭化製品製造設備、精油抽出設備及び家畜排せつ物たい肥化設備を除外した上、その適用期限を２年延長する。
⑥ 公共交通機関に係る障害者対応設備等の特別償却制度について、対象設備等からエスカレーター及びタクシーを除外した上、その適用期限を２年延長する。
⑦ 鉱工業技術研究組合等の所得計算の特例について、対象から食品の製造過程の管理の高度化に関する臨時措置法に係る措置を除外する。
⑧ 産業活力再生特別措置法の認定事業再構築計画等に基づき行う登記に対する登録免許税の税率の軽減措置について、軽減税率を次のとおり引き上げた上、その適用期限を２年延長する。
イ 株式会社の設立又は資本金の額の増加の登記
1,000分の3.5（現行1,000分の2.5）
ロ 合併又は分割による株式会社の設立又は資本金の額の増加の登記における純増部分の登記
1,000分の3.5（現行1,000分の2.5）
ハ 法人の設立等の場合における不動産の所有権の移転登記
1,000分の16（現行1,000分の14）
ニ 合併による法人の設立等の場合における不動産の所有権の移転登記
1,000分の２（現行1,000分の1.5）
⑨ 預金保険法に規定する第一号措置を行うべき旨の内閣総理大臣の決定に基づく預金保険機構による金融機関の株式の引受けに伴い、当該金融機関が受ける資本金の額の増加の登記に対する登録免許税の税率の軽減措置について、軽減税率を1,000分の3.5（現行1,000分の2.5）に引き上げた上、その適用期限を２年延長する。
⑩ 農地保有合理化法人が農用地を取得した場合の所有権の移転登記に対する登録免許税の税率の軽減措置について、次のとおり軽減税率（現行1,000分の８）の見直しを行った上、その適用期限を２年延長する。
平成20年４月１日から平成21年３月31日まで 1,000分の８
平成21年４月１日から平成22年３月31日まで 1,000分の10
⑪ 漁業協同組合が水産業協同組合法の規定により漁業協同組合連合会から権利義務の包括承継をした場合の不動産の所有権の移転登記等に対する登録免許税の税率の軽減措置について、次のとおり軽減税率の見直しを行った上、その適用期限を２年延長する。
イ 不動産又は船舶の所有権の移転登記（現行1,000分の４）
平成20年４月１日から平成21年３月31日まで 1,000分の４
平成21年４月１日から平成22年３月31日まで 1,000分の５
ロ 不動産の地上権又は賃借権の移転登記（現行1,000分の２）
平成20年４月１日から平成21年３月31日まで 1,000分の２
平成21年４月１日から平成22年３月31日まで 1,000分の３
⑫ 農林中央金庫等が行う組織再編成によってする登記に対する登録免許税の税率の軽減措置について、次の措置を講じた上、その適用期限を２年延長する。
イ 適用対象を、農林中央金庫が信用農業協同組合連合会から事業譲渡を受けた場合及び農業協同組合が他の農業協同組合と合併をした場合とする。
ロ 農業協同組合が他の農業協同組合と合併をした場合における不動産の所有権の移転登記に係る軽減税率（現行1,000分の2.5）を次のとおり見直す。
平成20年４月１日から平成21年３月31日まで 1,000分の2.5
平成21年４月１日から平成22年３月31日まで 1,000分の３
⑬ 清酒等に係る酒税の税率の特例措置について、次のとおり軽減割合の見直しを行った上、その適用期限を５年延長する。
イ 清酒、連続式蒸留しようちゆう、単式蒸留しようちゆう（現行25％）及び果実酒（現行30％）
平成20年４月１日から平成23年３月31日まで 25％
平成23年４月１日から平成25年３月31日まで 20％
ロ 合成清酒及び発泡酒（現行30％）
平成20年４月１日から平成22年３月31日まで 25％
平成22年４月１日から平成23年３月31日まで 20％
平成23年４月１日から平成24年３月31日まで 15％
平成24年４月１日から平成25年３月31日まで 10％
⑭ 特定の用途に供される揮発油に係る揮発油税及び地方道路税の免税措置について、発電用ボイラーの燃料用及びノルマルパラフィンの脱着溶剤用の揮発油を適用対象から除外した上、その適用期限を10年延長する。
(3) 適用期限の延長
① 次に掲げる特別措置の適用期限を３年延長する。
イ 退職年金等積立金に対する法人税の課税の停止措置
ロ 農地等に係る贈与税の納税猶予の特例の適用を受けている者が特例適用農地等のすべてについて一定の農業生産法人に使用貸借による権利の設定をした場合において贈与税の納税猶予の特例を継続する措置
② 交際費等の損金不算入制度の適用期限を２年延長する。
③ 使途秘匿金の支出がある場合の課税の特例制度の適用期限を２年延長する。
④ 欠損金の繰戻しによる還付の不適用制度の適用期限を２年延長する。
⑤ 次に掲げる特別措置の適用期限を２年延長する。
イ 地震防災対策用資産の特別償却制度における耐震改修工事に係る措置
ロ 優良賃貸住宅の割増償却制度における中心市街地優良賃貸住宅に係る措置
ハ 海外投資等損失準備金
ニ 金属鉱業等鉱害防止準備金
ホ 特定廃棄物最終処分場に係る特定災害防止準備金
ヘ 国際船舶の所有権の保存登記等に対する登録免許税の税率の軽減
ト 関西国際空港株式会社等の登記に対する登録免許税の免税
チ ビールに係る酒税の税率の特例
リ 特定の輸入石油製品等に係る石油石炭税の免税
ヌ 特定の国産石油製品に係る石油石炭税の還付
⑥ 次に掲げる特別措置の適用期限を１年延長する。
イ 入国者が輸入するウイスキー等に係る酒税の税率の特例
ロ 入国者が輸入する紙巻たばこに係るたばこ税の税率の特例
16 その他
(1) 社会保険診療報酬の所得計算の特例の適用対象となる社会保険診療の範囲に、中国残留邦人等の円滑な帰国の促進及び永住帰国後の自立の支援に関する法律に基づく医療支援給付のための医療等を加えるとともに、消費税が非課税とされる医療等の範囲に同法に基づく医療等を加える。
(2) 日本年金機構法に基づき設立される日本年金機構を所得税法別表第一（公共法人等の表）、法人税法別表第一（公共法人の表）、登録免許税法別表第二（非課税法人の表）、消費税法別表第三及び印紙税法別表第二（非課税法人の表）に加える。
(3) 一定の要件を満たす債務処理に関する計画の策定があった場合に資産の評価損益の計上及び青色欠損金等以外の繰越欠損金の優先控除が認められる措置につき、２以上の金融機関等が債務免除することが定められていることとの要件における金融機関等の範囲に信用保証協会を加える。
(4) 国庫補助金等で取得した固定資産等の圧縮額の損金算入制度について、対象となる国庫補助金等の範囲に、独立行政法人新エネルギー・産業技術総合開発機構法に基づく助成金でエネルギー使用合理化技術戦略的開発事業等に係るものを加える。
(5) いわゆる三角合併等に係る対価として交付される株式に一株に満たない端数が生ずる場合において当該端数に代えて金銭が交付されるとき及び全部取得条項付種類株式が取得決議により取得される場合において価格決定の申立てに基づく金銭が交付されるときは、組織再編成等の対価に関する要件の判定に際し、これらの金銭以外の対価により判定することを明確化する。
(6) 厚生農業協同組合連合会が特別養護老人ホームの用に供するために取得する不動産に係る所有権の移転登記等については、登録免許税を非課税とする。
(7) 国民健康保険団体連合会が作成する高齢者の医療の確保に関する法律第155条第１項第１号に掲げる業務に関する文書を印紙税法別表第三（非課税文書の表）に加える。
(8) 国税の納税証明書について、国税につき滞納処分を受けたことがないことの証明事項については、その交付請求書を提出する日の３年前の日の属する会計年度以後の会計年度に係るものとする。
(9) その他所要の税制の整備を行う。
事業承継税制の抜本見直しについては、中小企業の経営の承継の円滑化に関する法律（仮称）の制定を踏まえ、平成21年度税制改正において、以下を骨子とする事業の後継者を対象とした「取引相場のない株式等に係る相続税の納税猶予制度」を創設する。
本制度は中小企業の経営の承継の円滑化に関する法律（仮称）施行日以後の相続等に遡って適用する。
この新しい事業承継税制の制度化にあわせて、相続税の課税方式をいわゆる遺産取得課税方式に改めることを検討する。
その際、格差の固定化の防止、老後扶養の社会化への対処等相続税を巡る今日的課題を踏まえ、相続税の総合的見直しを検討する。
(1) 事業承継相続人が、非上場会社を経営していた被相続人から相続等によりその会社の株式等を取得しその会社を経営していく場合には、その事業承継相続人が納付すべき相続税額のうち、相続等により取得した議決権株式等（相続開始前から既に保有していた議決権株式等を含めて、その会社の発行済議決権株式の総数等の３分の２に達するまでの部分）に係る課税価格の80％に対応する相続税の納税を猶予する。
（注１）｢事業承継相続人｣とは、中小企業の経営の承継の円滑化に関する法律（仮称）における経済産業大臣の認定を受けた一定の中小企業の発行済株式等について、同族関係者と合わせその過半数を保有し、かつ、その同族関係者の中で筆頭株主である後継者をいう。
（注２）会社を経営していた被相続人は、その会社の発行済株式等について、同族関係者と合わせその過半数を保有し、かつ、その同族関係者（事業承継相続人を除く。）の中で筆頭株主であったことを要する。
(2) 納税猶予の対象となる株式等のみを相続するとした場合の相続税額から、その株式等の金額の20％に相当する金額の株式等のみを相続するとした場合の相続税額を控除した額を猶予税額とする。
(3) その事業承継相続人が納税猶予の対象となった株式等を死亡の時まで保有し続けた場合等の一定の場合には、猶予税額を免除する。
(4) その事業承継相続人が、相続税の法定申告期限から５年の間に、代表者でなくなる等により、中小企業の経営の承継の円滑化に関する法律（仮称）に基づき経済産業大臣の認定が取り消された場合等には、猶予税額の全額を納付する。
(5) 上記(4)の期間経過後において、納税猶予の対象となった株式等を譲渡等した場合には、その時点で、納税猶予の対象となった株式の総数等に対する譲渡株式の総数等の割合に応じた猶予税額を納付する。
(6) 上記(4)又は(5)により、猶予税額の全額又は一部を納付する場合には、その納付税額について相続税の法定申告期限からの利子税も併せて納付する。
(7) この特例の適用を受けるためには、原則として、納税猶予の対象となった株式等のすべてを担保に供しなければならない。
(8) 個人資産の管理等を行う法人の利用等による租税回避行為を防止する措置を講ずる。
(9) 中小企業の経営の承継の円滑化に関する法律（仮称）の施行日以後に開始した相続等から適用を可能とする措置その他所要の措置を講ずる。
(10) 現行の特定同族会社株式等に係る相続税の課税価格の計算の特例は、所要の経過措置を講じた上で廃止する。
（参考）
平成20年度の税制改正による一般会計税収の増減収見込額は、別表のとおりと見込まれる。
