平成20年1月11日
閣議決定
現下の経済・財政状況等を踏まえ、持続的な経済社会の活性化を実現する等の観点から、法人関係税制、中小企業関係税制、金融・証券税制、土地・住宅税制等について適切な措置を講ずる。また、民間が担う公益活動を推進する観点から、公益法人制度改革に対応する税制措置を講ずるとともに寄附税制の見直しを行う。併せて、地域間の財政力格差の縮小の観点から所要の措置を講ずる。具体的には、次のとおり税制改正を行うものとする。
１ 研究開発税制
試験研究費に係る特別税額控除制度について、試験研究費の増加分に対する特別税額控除割合を上乗せする特例を改組し、次の特例のいずれかを選択適用できる制度を創設する。この制度における控除税額は、試験研究費の総額に係る特別税額控除制度又は中小企業技術基盤強化税制とは別に、当期の法人税額の100分の10相当額を限度とする。
(1) 平成20年４月１日から平成22年３月31日までの間に開始する各事業年度において、試験研究費の額が比較試験研究費の額を超え、かつ、基準試験研究費の額を超える場合には、試験研究費の額が比較試験研究費の額を超える部分の金額の100分の５相当額の特別税額控除ができることとする。
(2) 平成20年４月１日から平成22年３月31日までの間に開始する各事業年度において、試験研究費の額が平均売上金額の100分の10相当額を超える場合には、その超える部分の金額に特別税額控除割合を乗じた金額の特別税額控除ができることとする。
（注）特別税額控除割合は、試験研究費割合から100分の10を控除した割合に0.2を乗じた割合とする。
２ 情報基盤強化税制
情報基盤強化税制について、次の見直しを行った上、その適用期限を２年延長する。
(1) 対象設備等に、部門間・企業間で分断されている情報システムを連携するソフトウエアとして一定の要件を満たすものを加える。
(2) 資本金の額又は出資金の額が１億円以下の法人等について、対象設備等の取得価額の合計額の最低限度を70万円（現行300万円）に引き下げる。
(3) 資本金の額又は出資金の額が10億円超の法人について、対象設備等の取得価額の合計額のうち本税制の対象となる金額は、200億円を限度とする。
３ 減価償却制度
減価償却制度について、次の見直しを行う。
(1) 法定耐用年数について、機械及び装置を中心に、実態に即した使用年数を基に資産区分を整理するとともに、法定耐用年数を見直す（別紙一参照）。なお、この改正は、既存の減価償却資産を含め、平成20年４月１日以後開始する事業年度（所得税については、平成21年分以後）について適用する。
(2) 耐用年数の短縮特例について、本特例の適用を受けた減価償却資産について軽微な変更があった場合、本特例の適用を受けた減価償却資産と同一の他の減価償却資産の取得をした場合等には、改めて承認申請をすることなく、変更点等の届出により短縮特例の適用を受けることができることとする。
１ 特定中小会社が発行した株式を取得した場合の課税の特例の創設
(1) 居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者（以下「居住者等」という。）が、その年中に特定中小会社であって次の要件を満たす株式会社に出資した金額について、1,000万円を限度として、寄附金控除を適用する。
① 設立１年目の株式会社･･･中小企業の新たな事業活動の促進に関する法律に規定する特定新規中小企業者
② 設立２年目又は３年目の株式会社･･･特定新規中小企業者であって前事業年度及び前々事業年度における営業活動によるキャッシュ・フロー（財務諸表等の用語、様式及び作成方法に関する規則第112条第１号に掲げる営業活動によるキャッシュ・フローをいう。）が赤字であるもの
(2) 特定中小会社に出資した金額のうち、本特例の適用を受けて総所得金額等から控除した金額は、取得した特定中小会社の株式の取得価額から控除する。
(3) その他所要の整備を行う。
(4) 特定中小会社が発行した株式に係る譲渡所得等の２分の１課税の特例については、所要の経過措置を講じた上、廃止する。
（注）上記の改正は、平成20年４月１日以後に特定中小会社の株式を払込みにより取得する場合について適用する。
２ 教育訓練費が増加した場合の特別税額控除制度について、対象を中小企業者等に限定するとともに、労働費用に占める教育訓練費の割合が100分の0.15以上の場合に、教育訓練費の総額に、労働費用に占める教育訓練費の割合に応じた特別税額控除割合（100分の８～100分の12）を乗じた金額の特別税額控除ができる制度に改組した上、本特例を中小企業等基盤強化税制の中に位置付ける。
（注）特別税額控除割合は、労働費用に占める教育訓練費の割合から100分の0.15を控除した割合に40を乗じたものに100分の８を加算した割合とする。
３ 農林水産業と商工業との連携等を促進するための税制措置を次のとおり講ずる。
(1) 中小企業者と農林漁業者との連携による事業活動の促進に関する法律（仮称）の制定に伴い、中小企業等基盤強化税制の対象に、同法の認定農商工等連携事業計画（仮称）に従って農商工等連携事業（仮称）を行う中小企業者が取得する同計画に定める機械装置を加える。
(2) 企業立地の促進等による地域における産業集積の形成及び活性化に関する法律の一部改正に伴い、集積区域における集積産業用資産の特別償却制度の対象に、農林水産業の活性化に資する業種を加える。なお、同業種における投資規模要件は、機械装置にあっては、取得価額の最低限度を１台又は１基につき500万円、かつ、計画記載の投資総額の最低限度を4,000万円とし、建物等にあっては、取得価額の最低限度を5,000万円とする。
４ 中小企業投資促進税制の適用期限を２年延長する。
５ 交際費等の損金不算入制度について、中小企業者に係る400万円の定額控除の適用期限を２年延長する。
６ 欠損金の繰戻しによる還付の不適用制度について、中小企業者の設立後５年間に生じた欠損金額に係る適用除外措置の適用期限を２年延長する。
７ 中小企業者等の少額減価償却資産の取得価額の損金算入の特例の適用期限を２年延長する。
（備考）取引相場のない株式の評価に係る純資産価額方式における営業権の評価について、企業者報酬の額及び総資産価額に乗じる利率の見直しを行う。
１ 上場株式等の譲渡所得等に対する課税
(1) 上場株式等に係る譲渡所得等の７％軽減税率の廃止
上場株式等の譲渡所得等に係る税率については、平成20年12月31日をもって７％（住民税とあわせて10％）軽減税率を廃止する（平成21年１月１日以後は15％（住民税とあわせて20％）となる。）。
(2) 特例措置
平成21年１月１日から平成22年12月31日までの間（２年間）に上場株式等を譲渡した場合には、その年分の上場株式等に係る譲渡所得等の金額のうち500万円以下の部分については、７％（住民税とあわせて10％）とする。
(3) 源泉徴収口座における源泉徴収税率の特例
平成21年１月１日から平成22年12月31日までの間（２年間）の源泉徴収口座における源泉徴収税率は、７％（住民税とあわせて10％）とする。
この場合において、源泉徴収口座の上場株式等に係る譲渡所得等の金額と源泉徴収口座以外の上場株式等に係る譲渡所得等の金額の合計額が500万円を超える者については、その超える年分について、源泉徴収口座の譲渡所得等に係る申告不要の特例は適用しない。
２ 上場株式等の配当所得に対する課税
(1) 上場株式等に係る配当等の７％軽減税率の廃止
居住者等が支払を受けるべき上場株式等の配当等に係る源泉徴収税率については、平成20年12月31日をもって７％（住民税とあわせて10％）軽減税率を廃止する（平成21年１月１日以後は15％（住民税とあわせて20％）となる。）。
(2) 源泉徴収税率の特例措置
平成21年１月１日から平成22年12月31日までの間（２年間）に居住者等が支払を受けるべき上場株式等の配当等（大口株主が支払を受けるものを除く。以下同じ。）に対する源泉徴収税率を７％（住民税とあわせて10％）とする。
この場合において、その年中の上場株式等の配当等（年間の支払金額が１万円以下の銘柄に係るものを除く。）の金額の合計額が100万円を超える者については、その超える年分について、当該上場株式等の配当等に係る申告不要の特例は適用しない。
(3) 上場株式等の配当所得の申告分離選択課税の創設
平成21年１月１日以後に居住者等が支払を受けるべき上場株式等の配当所得については、当該居住者等は15％（住民税とあわせて20％）の税率による申告分離課税を選択できることとする。この場合において、申告する上場株式等の配当所得の金額の合計額について、総合課税と申告分離課税のいずれかの選択適用とする。
(4) 申告分離選択課税の税率の特例措置
平成21年１月１日から平成22年12月31日までの間（２年間）に上場株式等の配当等の支払を受ける場合に、その年分において申告分離課税を選択した上場株式等の配当所得の金額のうち100万円以下の部分については、７％（住民税とあわせて10％）とする。
(5) 源泉徴収口座への上場株式等の配当等の受入れ
居住者等が金融商品取引業者等の営業所を通じて上場株式等の配当等の支払を受ける場合において、当該居住者等が当該金融商品取引業者等の営業所に源泉徴収口座を開設しているときは、当該配当等を当該源泉徴収口座に受け入れることができることとする。
（注）上記の改正は、平成22年１月１日以後に支払う上場株式等の配当等について適用する。
３ 損益通算の特例
(1) 上場株式等の譲渡損失と上場株式等の配当所得との間の損益通算の特例の創設
その年分の上場株式等の譲渡所得等の金額の計算上生じた損失の金額があるとき又はその年の前年以前３年内の各年に生じた上場株式等の譲渡損失の金額（前年以前に既に控除したものを除く。）があるときは、これらの損失の金額を上場株式等の配当所得の金額（申告分離課税を選択したものに限る。）から控除するものとする。
（注）上記の改正は、平成21年分以後の所得税について適用する。
(2) 源泉徴収口座内の上場株式等の配当等に対する源泉徴収税額の計算の特例の創設（源泉徴収口座内における損益通算）
源泉徴収口座に受け入れた上場株式等の配当等に対する源泉徴収税額を計算する場合において、当該源泉徴収口座内における上場株式等の譲渡所得等の金額の計算上生じた損失の金額があるときは、当該配当等の額から当該譲渡損失の金額を控除した金額に対して源泉徴収税率を乗じて徴収すべき所得税の額を計算する特例を創設する。
この場合において、当該上場株式等の譲渡損失の金額につき、申告により、他の株式等に係る譲渡所得等の金額又は上場株式等に係る配当所得の金額から控除するときは、本特例の適用を受けた上場株式等の配当等については、申告不要の特例は適用しない。
（注）上記の改正は、平成22年１月１日以後に支払う上場株式等の配当等について適用する。
４ 資料情報制度等の整備
(1) 源泉徴収口座に係る特定口座年間取引報告書について、次の措置を講ずる。
① 源泉徴収口座に係る特定口座年間取引報告書の税務署への提出を不要とする措置を廃止する。
② 特定口座年間取引報告書の記載事項に、源泉徴収口座に受け入れた配当等の額等を加える。
（注）上記①の改正は、平成21年１月１日以後に源泉徴収口座において処理される上場株式等の譲渡に係る報告書について適用する。
上記②の改正は、平成22年１月１日以後に支払う上場株式等の配当等について適用する。
(2) ７％の源泉徴収税率を適用する上場株式等の配当等については、すべての配当等の支払調書を税務署へ提出しなければならないこととする。ただし、源泉徴収口座に受け入れた上場株式等の配当等については、当該支払調書の税務署への提出は要しないこととする。
(3) 上場株式等の配当等の支払者又は支払事務取扱者は、当該配当等の支払を受ける者に対して、その支払う配当等の額等を記載した支払報告書を交付しなければならないこととする。ただし、源泉徴収口座に受け入れた上場株式等の配当等については、当該報告書の支払を受ける者への交付は要しないこととする。
また、上場株式等に係る配当所得の金額を申告する場合には、当該支払報告書又は源泉徴収口座に係る特定口座年間取引報告書を確定申告書に添付しなければならないこととする。
（注）上記(2)及び(3)の改正は、平成21年１月１日以後に支払う配当等について適用する。
５ 源泉徴収義務の整備等
(1) 源泉徴収口座における損益通算を可能とするため、上場株式等の配当等に対する源泉徴収について、以下の措置を講ずる。
① 支払事務取扱者（証券会社、銀行等）を通じて支払をする上場株式等の配当等について、当該支払事務取扱者を源泉徴収義務者とする。
② 公募株式投資信託の収益の分配に係る配当等について、当該配当等の支払事務取扱者を源泉徴収義務者とする。
③ 源泉徴収口座に受け入れた上場株式等の配当等について源泉徴収した所得税の納付期限を、その徴収の日の属する年の翌年１月10日とする。
（注）上記の改正は、平成22年１月１日以後に支払う上場株式等の配当等について適用する。
(2) 居住者等が公募株式投資信託の終了又は一部の解約により交付を受ける金銭の額その他の資産の価額については、その全額を株式等譲渡所得等の収入金額とみなして課税することとする。
(3) その他所要の整備を行う。
６ 一定の贈与、相続又は遺贈により取得した特定口座内保管上場株式等であった上場株式等を、次に掲げる方法により受贈者、相続人又は受遺者の特定口座へ移管できることとする。
(1) 贈与により取得した上場株式等を当該受贈者の特定口座へ移管する際に、その受贈者が取得した上場株式等のうち同一銘柄の上場株式等をすべて当該受贈者の特定口座に移管する方法（当該受贈者の特定口座に既にその取得した上場株式等と同一銘柄の上場株式等を有していない場合に限る。）
(2) 相続又は遺贈により取得した上場株式等を当該相続人又は受遺者の特定口座へ移管する際に、その相続人又は受遺者が取得した上場株式等のうち同一銘柄の上場株式等をすべて当該相続人又は受遺者の特定口座に移管する方法
７ 特定口座内の上場株式等を他の金融商品取引業者等の特定口座に移管する際に、移管元の金融商品取引業者等が移管先の金融商品取引業者等に送付することとされている取得価額等の情報を、電子情報処理組織を利用して送付することができることとする。
８ 特定上場株式等に係る譲渡所得等の非課税制度は、適用期限の到来をもって廃止する。
１ 土地の売買による所有権の移転登記等に対する登録免許税の税率の軽減措置について、次のとおり軽減税率の見直しを行った上、その適用期限を３年延長する。
(1) 土地の売買による所有権の移転登記（現行1,000分の10）
平成20年４月１日から平成21年３月31日まで 1,000分の10
平成21年４月１日から平成22年３月31日まで 1,000分の13
平成22年４月１日から平成23年３月31日まで 1,000分の15
(2) 土地の所有権の信託の登記（現行1,000分の２）
平成20年４月１日から平成21年３月31日まで 1,000分の２
平成21年４月１日から平成22年３月31日まで 1,000分の2.5
平成22年４月１日から平成23年３月31日まで 1,000分の３
２ 特定目的会社が資産流動化計画に基づき特定不動産を取得した場合等の所有権の移転登記等に対する登録免許税の税率の軽減措置について、次のとおり軽減税率（現行1,000分の８）の見直しを行った上、その適用期限を２年延長する。
平成20年４月１日から平成21年３月31日まで 1,000分の８
平成21年４月１日から平成22年３月31日まで 1,000分の９
３ 住宅の省エネ改修促進税制の創設
(1) 住宅の省エネ改修工事等に係る住宅借入金等を有する場合の所得税額の特別控除の控除額に係る特例の創設
① 居住者が、その者の居住の用に供する家屋について一定の省エネ改修工事を含む増改築等（以下「省エネ改修工事等」という。）を行った場合において、当該家屋を平成20年４月1日から平成20年12月31日までの間にその者の居住の用に供したときは、一定の要件の下で、その省エネ改修工事等に充てるために借り入れた住宅借入金等の年末残高の1,000万円以下の部分の一定割合を所得税の額から控除する。この特例は、下記(2)の所得税額の特別控除との選択適用とし、控除期間は５年、控除率については、次のとおりとする。
省エネ改修工事等に係る住宅借入金等の年末残高のうち、
イ 特定の省エネ改修工事に係る工事費用（200万円を限度）に相当する部分の金額･･･２％
ロ イに掲げる住宅借入金等の年末残高以外の金額･･･１％
（注１）上記の「一定の省エネ改修工事」とは、①居室の全ての窓の改修工事、又は①の工事と併せて行う②床の断熱工事、③天井の断熱工事若しくは④壁の断熱工事で、次の要件を満たすものをいう。
イ 改修部位の省エネ性能がいずれも平成11年基準以上となること
ロ 改修後の住宅全体の省エネ性能が改修前から一段階相当以上上がると認められる工事内容であること
ハ その工事費用の合計額が30万円を超えるものであること
（注２）上記の「特定の省エネ改修工事」とは、（注１）に定める工事のうち、改修後の住宅全体の省エネ性能が平成11年基準相当となると認められる工事内容のものをいう。
（注３）上記の「一定の要件」について、以下のとおりとする。
イ 住宅借入金等について、償還期間５年以上の一定の住宅借入金等を適用対象とする。
ロ 本税制の適用については、住宅の品質確保の促進等に関する法律に基づく登録住宅性能評価機関、建築基準法に基づく指定確認検査機関又は建築士法に基づく建築士事務所に所属する建築士が発行する省エネ改修工事等の証明書を要するものとする。
ハ その他現行の住宅の増改築等に係る住宅借入金等を有する場合の所得税額の特別控除と同様の要件とする。
② 二以上の居住年に係る住宅の取得等に係る住宅借入金等の金額を有する場合の控除額の計算の調整措置その他所要の措置を講ずる。
(2) 住宅の増改築等に係る住宅借入金等を有する場合の所得税額の特別控除について、現行制度において適用対象となっている大規模の修繕又は模様替等に加え、大規模の修繕又は模様替等に至らない一定の省エネ改修工事を適用対象に加える。
（注１）上記の「一定の省エネ改修工事」とは、①居室の全ての窓の改修工事、又は①の工事と併せて行う②床の断熱工事、③天井の断熱工事若しくは④壁の断熱工事で、次の要件を満たすものをいう。
イ 改修部位の省エネ性能がいずれも平成11年基準以上となること
ロ 改修後の住宅全体の省エネ性能が改修前から一段階相当以上上がると認められる工事内容であること
（注２）本税制の適用については、住宅の品質確保の促進等に関する法律に基づく登録住宅性能評価機関、建築基準法に基づく指定確認検査機関又は建築士法に基づく建築士事務所に所属する建築士が発行する省エネ改修工事等の証明書を要するものとする。
（注３）上記の改正は、増改築等をした居住用家屋を平成20年４月１日から平成20年12月31日までの間に自己の居住の用に供した場合について適用する。
４ 給与所得者等が住宅資金の貸付け等を受けた場合の課税の特例の適用期限を２年延長する。
５ 住宅取得等資金に係る相続時精算課税制度の特例の適用期限を２年延長する。
６ マンション建替事業の施行者等が受ける権利変換手続開始の登記等に対する登録免許税の免税措置の適用期限を２年延長する。
７ 長期優良住宅の普及の促進に関する法律（仮称）の制定に伴い、個人が、同法の施行の日から平成22年３月31日までの間に新築又は取得（未使用のものに限る。）をする一定の長期優良住宅（仮称）に係る所有権の保存登記等に対する登録免許税の税率について、次のとおり軽減する措置を講ずる。
(1) 所有権の保存登記 1,000分の１ （本則1,000分の４）
(2) 所有権の移転登記 1,000分の１ （本則1,000分の20）
