独立行政法人は、公共上の見地から確実に実施される必要があるものの、民間に委ねた場合には必ずしも実施されないおそれがある事務・事業を実施しています。

独立行政法人全体の資産・負債差額は約32兆円(2006年度決算)ですが、その大半は将来の年金給付のための財源や、高速道路・研究施設等の事業や研究等に使用中の資産です。2007年12月の「独立行政法人整理合理化計画」では、事務・事業の見直しに応じて不要となった土地・建物について、当面、約6,000億円を処分することが盛り込まれました。