国債の保有に関係する税制は、個人や法人、金融機関、非居住者、外国法人などの保有主体や、その保有する国債の種類に応じて制度が異なります。
また、国内金融機関や一定の事業法人などのほか、非居住者・外国法人に対しては、一定の要件の下で利子等を非課税とする措置が講じられています。
個人（居住者）
１． 利付国債
利付国債の利子、譲渡益及び償還差益については、税率20％（所得税15％、地方税5％）※の申告分離課税【国税庁ホームページ】
の対象となっており、これらの所得間及び上場株式等の所得との損益通算が可能です。
の対象となっており、これらの所得間及び上場株式等の所得との損益通算が可能です。なお、利払時に支払われる利子に対して、源泉徴収が行われます。
また、障害者の方などについては、国債の利子所得が非課税の扱いとなる「障害者等のマル優制度」や「障害者等の特別マル優制度」の適用があります。
※ 平成25年から令和19年までは、所得税のほかに復興特別所得税（原則として所得税額の2.1％）が課されます。
２． 国庫短期証券・ストリップス債
国庫短期証券(Treasury Discount Bills)及びストリップス債（分離元本振替国債、分離利息振替国債）の譲渡益及び償還差益については、税率20％（所得税15％、地方税５％）※の申告分離課税【国税庁ホームページ】の対象となっており、これらの所得間及び上場株式等の所得との損益通算が可能です。
の対象となっており、これらの所得間及び上場株式等の所得との損益通算が可能です。なお、償還時に、償還金に係る差益金額に対して源泉徴収が行われます。
※ 平成25年から令和19年までは、所得税のほかに復興特別所得税（原則として所得税額の2.1％）が課されます。
内国法人
１． 利付国債
利付国債の利子、譲渡益及び償還差益については、益金の額に算入され、法人税や地方税の法人税割が課されます（公益社団法人・公益財団法人等は非課税となる場合があります。）。利子については、利払時に源泉徴収が行われます。ただし、銀行などの金融機関、金融商品取引業者等及び資本金又は出資金の額が1億円以上の内国法人については、源泉徴収免除制度があります。
２． 国庫短期証券・ストリップス債
国庫短期証券(Treasury Discount Bills)及びストリップス債（分離元本振替国債、分離利息振替国債）の譲渡益や償還差益は益金の額に算入され、法人税や地方税の法人税割が課されます（公益社団法人・公益財団法人等は非課税となる場合があります。）。
なお、一般社団法人・一般財団法人（公益社団法人・公益財団法人を除きます。）等については、償還時に、償還金に係る差益金額に対して源泉徴収が行われます。